In de tijd van Karel de Grote (742-814) introduceerde de Franse filosoof Arnaud de mystieke leringen in Frankrijk. Van daaruit verspreidden zij zich over een groot deel van West-Europa. Tijdens de Europese Middeleeuwen werd mystieke kennis vaak noodgedwongen verhuld in symboliek en verborgen in de liefdesliederen van troubadours, de formules van alchimisten, het symbolische systeem van de kabbala, en de rituelen van de ridderorden.
Terwijl een groot deel van het middeleeuwse Europa in duisternis gehuld was, bewaakte de vergevorderde Arabische beschaving een grote hoeveelheid van de mystieke leringen door middel van teksten die direct vanuit de grote bibliotheken van de antieke wereld, zoals de Bibliotheek van Alexandrië van Egypte, vertaald werden. Filosofie, medicijnen, wiskunde en alchimie waren stuk voor stuk belangrijke thema’s die in deze bibliotheken ondergebracht waren en later via de Arabieren naar Europa verspreid werden.
Alchimie – de kunst van de transmutatie – werd belangrijk onder de Alexandrijnse Grieken. Vervolgens werd de alchimie geïntroduceerd bij de Arabieren, die op hun beurt deze kunst, die de voorloper was van de chemie, aan Europa doorgaven. De alchimisten speelden een zeer grote rol in de vroege geschiedenis van de Rozekruisers Orde. Terwijl vele alchimisten belangstelling hadden voor het maken van goud, hielden sommige zich bij voorkeur bezig met de transmutatie van de menselijke natuur. Europese alchimisten en tempelridders die ten tijde van de kruistochten in contact stonden met de Arabische beschaving, brachten veel van deze wijsheid naar het westen over. In Europa trachtten de transcendentale alchimisten – mystici en filosofen – de basiselementen van de menselijke natuur om te zetten in de meer edele deugden, en binnen het individu de wijsheid van het goddelijke tot manifestatie te brengen. Sommige bekende alchimisten waren ook Rozekruiser: Albertus Magnus, Roger Bacon, Paracelsus, Cagliostro, Nicholas Flamel en Robert Fludd.
Een oud gezegde is: waarheid werkt bevrijdend. Zij die de waarheid zochten en aan hun medemens trachtten door te geven, werden het onderwerp van vervolging door tirannieke heersers of bekrompen religieuze systemen. Verscheidene eeuwen lang moest de Orde zich, als gevolg van het gebrek aan vrijheid van gedachte, verbergen onder verschillende namen. Toch heeft de Orde op geen enkel moment haar activiteiten stilgezet. Zij zette haar idealen en leringen voort. Direct of indirect nam zij deel aan de vooruitgang van kunsten en wetenschappen, en van de beschaving in het algemeen. Zij benadrukte daarbij altijd de gelijkheid van de seksen en de ware broederschap van de gehele mensheid.
Toen de Renaissance in Europa doorbrak met een nieuwe interesse in de kunsten en wetenschappen, blies de geheimzinnige publicatie Fama Fraternitatis R.C., gedrukt in Duitsland in de 17e eeuw, de Rozekruisersorganisatie in geheel Europa nieuw leven in. De Rozekruisers die de Fama publiceerden, deden dit onder het pseudoniem Christian Rosenkreuz. Dit was een mythische figuur die naar verluidt was afgereisd naar kenniscentra in het Nabije Oosten. Hij personifieerde de herleefde belangstelling in esoterische studies en mystieke leringen.
Als onderdeel van deze grote vernieuwing gaf Sir Francis Bacon (1561-1626), Engels filosoof, essayist en staatsman, leiding aan de Rozekruisers Orde en haar activiteiten, zowel in Engeland als op het continent. De Rozekruisersgeschiedenis vermeldt dat Sir Francis Bacon de auteur was van de Fama Fraternitatis R.C. en van andere werken die ervoor zorgden dat de Orde in Duitsland herleefde. Bacons boek, The New Atlantis, duidt op deze connectie.
